2259年初，约翰·谢里丹上尉接替辛克莱担任空间站的军事长官。他和指挥人员得知，圣地亚哥总统之死实际上是由副总统克拉克（圣地亚哥死后继任总统）策划的暗杀。巴比伦五号指挥人员与灵能军团之间爆发了冲突。灵能军团是一个日益专制的组织，负责监督和控制人类心灵感应者的生活。空间站的副指挥官伊万诺娃指挥官其实是一名潜在的心灵感应者，但她一直非法逃避在灵能军团的登记。...

心灵部队和克拉克总统的政府发现了埋藏在地球太阳系中的暗影飞船，并开始利用这些飞船的先进技术。克拉克政府的排外主义和极权主义日益盛行，并以军事事件为借口宣布戒严。这引发了火星的独立战争，而火星长期以来与地球的政治关系一直紧张。巴比伦5号也宣布脱离地球独立，其他几个地球联盟的外围殖民地也宣布独立。作为回应，地球联盟试图用武力夺回巴比伦5号，但在与空间站结盟对抗日益增长的暗影威胁的明巴利人的帮助下，这次...