一颗流星将邪恶击落至浩瀚银河的最远端。宇宙地狱挡住了他们的去路。愤怒吧，正义的大剑号！（片头旁白）银河联邦奋力反击由罗伯莱昂将军率领的麦哲伦帝国，后者主要从他们的星球“帝国”入侵银河系，但由于其压倒性的军事实力，他们陷入了劣势。与此同时，每隔950年就会接近“帝国”的彗星“魔星”的力量唤醒了“帝国”的守护神大剑号。“帝国”的二王子利格尔和他的同伴们骑乘大剑号，发动了反击。...

前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。...

　早在远古时代，人类祖先刚出现于地球上没多久，坎贝尔星人奥蕾阿娜和大将军加鲁达便率军来到地球，正当他们准备支配控制地球之际，漫长的冰河时期来临了，他们只得潜入地下静候时机。时间一转眼过去了三千多年，地球科学家南原猛博士在调查世界各地古代遗迹的过程中意外的发现了坎贝尔星人的足迹，并得知了他们妄图侵占地球的阴谋；为了应对随时可能到来的危机，他在国联协助创建的南原研究所中设计制造了超电磁机器人孔巴特拉V...