有一天，在地球上突然出现了一个巨大的飞行物，好像要征服地球似的。在世界中敢出来挑战此巨大飞行物的军队等皆被击败了，但只要不去招惹它们皆平安无事。不明飞行物，包括飞行物内的机器人在小镇中悠闲的飞来飞去。日子一久，小镇的人们也习已为常，再这样下去恐怕不好吧……一名都立北野桥高中魔法社的高中生在可爱的学妹前誓言打倒飞行物，于是行动开始了……...

白郎国被幼狮军摧毁，幼狮军继续侵略世界各地。就在白郎国覆灭前夕，一些忍者带着年轻的公主逃离。十多年过去了，为了晋升考试，樱和她的朋友们一直在秘密训练，准备击败幼狮军。她们试图从白郎城盗取一份卷轴。与此同时，幼狮军的忍者大军也开始行动了。...

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。...